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공인전자문서센터 지정심사는 과학기술정보통신부에 “공인전자문서센터 지정신청서”를 제출하고, 1차 서류심사(공인전자문서센터 결격사유, 시스템 구축 증빙자료 등)를 거친 다음 KISA에서 기술심사와 사업계획심사가 이루어집니다.
 
기술심사에서는 공인전자문서센터 지정요건(인력·기술능력, 시설·장비, 재정능력) 中 시설·장비에 대한 심사를 진행합니다. 기술심사에서는 서류심사(과기정통부에 제출한 증빙자료 및 시스템 구축도 등)와 현장실사가 진행됩니다.
기술심사를 진행 후 미비사항이 발견될 경우 해당 사항에 대한 추가 기술심사가 진행되며, 미비사항에 대한 보완여부를 확인합니다. 만약 미비사항이 보완되지 않을 경우 지정신청이 취소됩니다.
 
사업계획서심사는 1차 서류심사 후, 현장심사를 진행할 때에 사업계획, 시설 및 장비의 관리·운영에 관한 계획 등 공인전자문서센터 지정요건(인력·기술능력, 시설·장비, 재정능력) 충족여부 등을 최종심사하고, 대면발표 및 질의답변를 통해 평가가 진행됩니다.